上海自贸区的建设对我国法治建设产生不可低估的促进作用。应当看到，这种促进作用不仅体现在民商法与行政法等领域，在刑事法领域也同样具有鲜明、直接的体现。随着上海自贸区建设的全面展开，因自贸区内相关行政法律、法规的变化以及“负面清单”等制度的创新，在自贸区内已经出现了刑法适用困难等问题。如何在自贸区这个全新的领域准确、合理地适用刑法，以应对和解决上海自贸区建设所带来的一系列问题，从而更好地服务于自贸区的建设，是今后工作中需要直面的问题。研究、理解并妥适解决自贸区建设中的刑法适用问题，主要应该处理好以下“四大关系”。一是“负面清单”理念与罪刑法定原则的关系。二是自贸区内刑法适用特殊性与刑法之普遍适用性的关系。三是自贸区刑民交叉案件中的刑民关系和刑行关系。四是跨区行为区内外刑法适用的关系。无论是适用领域、理论层面分布，抑或是适用程度，负面清单管理模式与罪刑法定原则均存在诸多差异，故不能认为负面清单管理模式中所体现的“法不禁止即可为”的理念与刑法中罪刑法定原则“法无明文规定不为罪，法无明文规定不处罚”的理念高度契合。认定法定犯的思维和理念要作出适当的调整，只要相关经济、行政等法律规定没有禁止的，就不能对行为人以法定犯领域中的相关罪名定罪处罚。